De Department of Conservation (DOC) is de Nieuw-Zeelandse overheidsorganisatie die zich bezighoudt met natuurbescherming en behoud van natuurlijk erfgoed. Het New Zealand Plant Conservation Network (NCPZN) is een niet-gouvernementele organisatie die zich in Nieuw-Zeeland bezighoudt met de bescherming en het herstel van de oorspronkelijke flora en hun natuurlijke habitats.

Sinds Nieuw-Zeeland zich 80 miljoen jaar geleden van Gondwanaland afscheidde, heeft zich een volledig van de rest van de wereld geïsoleerde natuur ontwikkeld. Een deel van het oppervlak is bedekt met regenwoud dat tegenwoordig voor een groot deel tot nationale parken is verklaard. Er komen vele tientallen varensoorten voor. Tetrapathea tetrandra is een plant die van nature in Nieuw-Zeeland voorkomt. De pohutukawa (Metrosideros excelsa) is een plant, die ook van nature aanwezig is in Nieuw-Zeeland en veel als sierstruik wordt aangeplant. Clianthus puniceus is een plant die in het wild met uitsterven bedreigd wordt, maar in België en Nederland bij tuincentra te koop is. In het verleden was een groot deel van het Noordereiland begroeid met kauri-bossen. Tegenwoordig zijn deze grotendeels verdwenen door houtkap. De kauri-boom kan tientallen meters hoog en duizenden jaren oud worden.

Er zijn maar twee van oorsprong inheemse zoogdieren, beiden vleermuizen, en weinig amfibieën en reptielen, die vaak levendbarend zijn. Wel is onder deze reptielen de tuatara of brughagedis, die geen verdere levende nauwe verwanten heeft, en dus binnen de reptielen een unieke plaats inneemt. Ook de vier soorten Nieuw-Zeelandse oerkikkers (Leiopelmatidae) worden wel beschouwd als levend fossiel. Omdat er zo weinig viervoeters zijn, werden en worden er in Nieuw-Zeeland veel ecologische rollen door vogels en grote insecten ingenomen. Een voorbeeld van dergelijke insecten zijn de weta's, dit zijn grote krekels die eenzelfde ecologische rol hebben als de muis. Zo waren tot in historische tijden de grote moa's belangrijke herbivoren; de aan hen verwante kiwi's zijn nog steeds actief, evenals de ook niet-vliegende takahe. Verder zijn er fossielen gevonden van grote roofvogels. Nieuw-Zeeland heeft drie inheemse papegaaien, de kaka, de kakapo en de kea. Aan de zuidkust van het Zuidereiland en op enkele zuidelijker gelegen eilanden komt de zeldzame geeloogpinguïn voor.

bedreigingen

De natuur in Nieuw-Zeeland heeft ook te leiden onder een aantal bedreigingen. De komst van mens is hier veelal de oorzaak van. De invoer van uitheemse dieren zoals ratten, honden, katten en voskoesoe's heeft ervoor gezorgd dat veel unieke vogelsoorten nu met uitsterven bedreigd worden of, zoals de moa's en de huia, al zijn uitgestorven. Er zijn naar schatting zo'n 120 uitheemse dieren 328 uitheemse planten die als ongewenst worden gezien door de Nieuw-Zeelandse overheid.

Vooral de uit Australië ingevoerde voskoesoe's waarvan er anno 2005 zo'n 60 miljoen rondlopen richten enorme schade aan. Waar de voskoesoe in Australië natuurlijke vijanden heeft (en ironisch genoeg met uitsterven bedreigd wordt), kan deze soort zich in Nieuw-Zeeland ongehinderd voortplanten. De enige vijand is de auto; de platgereden voskoesoe is dan ook een erg veel voorkomend verschijnsel op de Nieuw-Zeelandse wegen. Door middel van afschieten en vergiftigen van voskoesoe's probeert de Nieuw-Zeelandse regering het aantal terug te dringen. Bij de diverse natuurgebieden zijn hierover informatieborden te vinden. Recreanten worden hierbij gevraagd om uit te kijken voor giftig lokaas. In 2004 is Didymosphenia geminata aangetroffen in de Lower Waiau Rivier. Dit kiezelwier kwam voorheen enkel voor op het noordelijk halfrond. Het eencellige organisme wordt lokaal Didymo of 'rock snot' genoemd. Het overwoekert rotsbodems en kan zich eenvoudig verspreiden. Sinds 2004 heeft het zich dan ook verder verspreid over de Nieuw-Zeelandse binnenwater. Het overheidsbeleid met betrekking tot deze exoot richt zich op het voorkomen van verdere verspreiding door bij besmette wateren borden te plaatsen. Recreanten worden hierbij gevraagd om na recreatie geen water te vermengen met andere wateren. Men hanteert hiervoor het beleid van 'check, clean, dry'. Recreanten dienen hun spullen te controleren op water en zo nodig af te drogen. Als dit niet mogelijk is dienen deze spullen minimaal 48 uur te worden gedroogd.